離婚后財產糾紛公司股權的處理：1、首先需要調查公司的股權，進而確定配偶所占公司股權的份額。2、調查清除配偶所占份額后，確定該部分財產時夫妻共同財產還是夫妻個人財產;3、申請法院對夫妻共同財產進行分割。
【法律依據】
《民法典》第一千零六十二條，夫妻在婚姻關系存續期間所得的下列財產，為夫妻的共同財產，歸夫妻共同所有：（一）工資、獎金、勞務報酬；（二）生產、經營、投資的收益；（三）知識產權的收益；（四）繼承或者受贈的財產，但是本法第一千零六十三條第三項規定的除外；（五）其他應當歸共同所有的財產。夫妻對共同財產，有平等的處理權。

離婚后股權要按照實際情況來處理。有2種情況，分別是：1、股權屬個人財產，只分收益不分股權；2、股權屬夫妻共同財產，分割時視屬股份公司還是有限公司而采取不同辦法。一般會以直接平均分割為基本原則來處理。如果是以夫妻雙方名義一起投資，雙方各占一定出資比例的，那么離婚時就需要按比例分割。
【法律依據】
《中華人民共和國民法典》 第一千零八十七條 【離婚時夫妻共同財產的處理】離婚時，夫妻的共同財產由雙方協議處理；協議不成的，由人民法院根據財產的具體情況，按照照顧子女、女方和無過錯方權益的原則判決。
對夫或者妻在家庭土地承包經營中享有的權益等，應當依法予以保護。