行政訴訟是指公民、法人或者其他組織認為自己權益受到某一行政行為的損害，而提起的關于該行政行為是否合法的訴訟。我國商標案件的行政訴訟是依據《中華人民共和國行政訴訟法》（以下簡稱行政訴訟法）而進行的。（1）商標行政訴訟案件的管轄。行政訴訟法第十七條規定：“行政案件由最初作出具體行政行為的行政機關所在地人民法院管轄。經復議的案件，復議機關改變原具體行政行為的，也可以由復議機關所在地人民法院管轄。”這一規定表明，一般情況下行政案件是由被告所在地的人民法院管轄。同時，行政訴訟法第二十五條規定，兩個以上行政機關作出同一具體行政行為的，共同用出具體行政行為的行政機關是共同被告。對此，行政訴訟法第二十條規定：“兩個以上人民法院都有管轄權的案件，原告可以選擇其中一個人民法院提起訴訟的，由最先收到起訴的人民法院管轄。”（2）商標行政訴訟案件的范圍。根據行政訴訟法第十一條第八項規定，公民、法人或其他組織“認為行政機關侵犯其人身權、財產權的”可以提起行政訴訟。當事人對所有涉及到財產權的處罰不服，都可以提起訴訟。就商標行政訴訟案件講，根據商標法及其細則規定，當事人對工商行政管理機關對下列7項行為處罰不服的，可以提起行政訴訟。A、使用商標的商標商品粗制造，以次充好，欺騙消費者的；B、國家規定必須使用注冊商標的商品，沒有使用注冊商標在市場上銷售的；C、未注冊商標冒充注冊商標使用的；D、使用的商標屬于商標法第8條規定，不得作為商標使用的文字、圖形的；E、侵權注冊商標專用權，工商行政管理機關責令停止侵權行為、罰款；F、對有毒、有害并且沒有使用價值的商品予以銷毀的；G、封存或者收繳商標標識的。（3）商標行政訴訟中的被告。在行政訴訟中，被告是指經原告認為侵犯其合法權益，并由人民法院通知應訴行的行政機關。商標行政訴訟中的被告，是對商標違法行為給予行政處罰的工商行政管理局。被告地位的確定是因人民法院通知應訴，而不同源于原告提起訴訟。只有經人民法院通知應訴，被告才享有訴訟中的權利和承擔訴訟中的義務。商標行政訴訟中的被告的范圍是特定的，僅限于工商行政管理機關。

當遇到商標權被侵犯的情況，可以有多種解決途徑。其中，當事人協商是最直接的方式，雙方可以在平等的基礎上，通過溝通達成一致協議，避免了復雜的訴訟程序。
另一種途徑是由商標注冊人或者利害關系人向法院提起訴訟。這種方式較為正式，能夠通過法律手段保護自己的合法權益。法院將根據侵權的具體情況，判決侵權方承擔相應的法律責任，包括但不限于停止侵權、賠償損失等。
此外，還可以請求相關行政主管部門處理。在我國，工商行政管理部門有權認定侵權行為，并采取執法措施，如責令停止侵權行為、沒收和銷毀侵權商品及專門用于制造侵權商品的工具，同時還可以處以罰款。如果當事人對行政處理決定不滿，有權依法提起行政訴訟，或者在侵權人未提起訴訟且未履行義務時，工商行政管理部門可以申請人民法院強制執行。
通過行政機關解決商標權侵權糾紛的程序相對簡便，且能夠有效制止侵權行為。然而，這種方式并不能為被侵權人提供民事賠償。如果被侵權人希望獲得民事賠償，只能在行政查處過程中嘗試調解，若調解不成，則需要向人民法院提起訴訟。
在實際操作中，被侵權人還可以選擇直接向人民法院提起侵權訴訟，這是解決商標權侵權糾紛的最終途徑。即使案件已經經過工商行政管理機關處理，當事人若對處理結果不滿意，仍然可以向人民法院提起訴訟，通過司法途徑提出各種民事救濟請求。
無論是通過協商、訴訟還是行政處理，解決商標權侵權糾紛的關鍵在于及時發現并采取措施。只有這樣，才能最大程度地保護自己的合法權益，避免更大的經濟損失。