(一)、犯罪主體不同
犯罪主體不同，這是職務侵占罪和貪污罪最主要、最本質的區別。依照《中華人民共和國刑法》第九十三條和第三百八十二條的規定，我們可以看出貪污罪的主體是特殊主體，具體包括兩類人員。一類是國家工作人員：
(1)國家機關從事公務的人員;
(2)國有公司企業、事業單位、人民團體中從事公務的人員;
(3)國家機關、國有公司、企業、事業單位委派到非國有公司、企業、事業單位、社會團體從事公務的人員;
(4)其他依照法律從事從事公務的人員。
另一類是受國家機關、國有公司、企業、事業單位、人民團體委托管理、經營國有財產的人員。而職務侵占罪主體為特殊主體，包括公司、企業或者其他單位的人員。具體是指三種不同身份的自然人，一是股份有限公司、有限責任公司的董事、監事，這些董事、監事必須不具有國家工作人員身份，他們是公司的實際領導者，具有一定的職權，當然可以成為本罪的主體。二是上述公司的人員，是指除公司董事、監事之外的經理、部門負責人和其他一般職員和工人。這些經理、部門負責人以及職員也必須不具有國家工作人員身份，他們或有特定的職權，或因從事一定的工作，可以利用職權或工作之便侵占公司的財物而成為本罪的主體，三是上述公司以外企業或者其他單位的人員，是指集體性質企業、私營企業、外商獨資企業的職工，國有企業、公司、中外合資、中外合作企業等中不具有國家工作人員身份的所有職工。
總之，貪污罪的主體就是那些在國家機關、國有公司、企事業和人民團體中從事公務或依照法律從事公務的人員。這里我們要闡明的是國有公司為國有獨資公司、有多個國有投資主體共同出資的有限責任公司和國有企業單獨作為發起人設立的股份有限公司。國家參股、合資、合作的公司，國家控股的公司都不屬于國有公司。在確定了國家工作人員的范疇之后，職務侵占罪的主體范疇也就一目了然了：其主體就是那些從事公務的人員以外的人員，也就是在公司、企業單位從事勞務活動的人員。
(二)、犯罪客體不同
貪污罪侵犯的客體是復雜客體，即同時侵犯了國家工作人員公務的廉潔性和公告財產所有權。其中，國家工作人員的職務廉潔性是本罪的主要客體。而職務侵占罪的客體是公司、企業或其他單位的財產所有權?！肮尽笔侵父鶕吨腥A人民共和國公司法》成立的有限責任公司和股份有限公司?！捌髽I”，是指有限責任公司和股份有限公司以外的其他依法設立的以獲取經濟利益為目的的組織。“其他單位”是指公司、企業以外的其他社會組織。在這里我們應當注意一個問題，那就是國有性質的單位的財物同樣可以從事勞務的人員利用從事勞務的便利，非法占有國有單位財物的，只能以職務侵占罪論處。
如果僅從犯罪主體或者犯罪客體一個方面來進行認定，我們很難對貪污罪和職務侵占罪加以區分。貪污罪在實質上是一種特殊的職務侵占罪，它在犯罪主體、客體范疇方面的規定要比職務侵占罪相對窄些。即具有貪污罪罪犯罪主體資格，同時又侵犯了國有公司、企業或視為國有公司、企業的公司、企業的財產，才構成貪污罪;若侵犯的是非國有公司、企業財產，那構成的就只能是職務侵占罪。但是，如果具備的是職務侵占罪的犯罪主體資格，那么不論他侵犯的是國有公司、企業的財產還是非國有公司、企業的財產，他都只能構成職務侵占罪，而不會構成貪污罪。在認定犯罪時，應當將主體和客體的認定有機地結合起來，主體的認定是正確的不可或缺的因素。因此，貪污罪和職務侵占罪的主體與客體的正確認定，對司法實踐具有十分重要的意義，也是區分二罪的關鍵。
(三)、構成犯罪的數額標準和法定刑不同
職務侵占罪的數額規定高于貪污罪。根據《中華人民共和國刑法》第二百七十一條的規定，職務侵占罪所非法占有的財物必須達到“數額較大”的程度才能構成犯罪，數額較大是指侵占公司、企業等單位財物達5000元至20000元以上的。而根據刑法第三百八十三條的規定，貪污罪一般以5000元作為追究刑事責任的數額起點，對不滿5000元、情節較重的，也可以追究刑事責任。
在量刑方面，根據《中華人民共和國刑法》第二百七十一條規定，犯職務侵占罪的，處5年以下有期徒刑或者拘役;數額較大的，處5年以上，可并處沒收財產。而根據《中華人民共和國刑法》第三百八十三條的規定，個人貪污數額在十萬元以上的，處十年以上有期徒刑或者無期徒刑，可以并處沒收財產;情節特別嚴重的，處死刑，并處沒收財產。個人貪污數額在五萬元以上不滿十萬元的，處五年以上有期徒刑，可以并處沒收財產;情節特別嚴重的，處無期徒刑，并處沒收財產。個人貪污數額在五千元以上不滿五萬元的，處一年以上七年以下有期徒刑;情節嚴重的，處七年以上十年以下有期徒刑。個人貪污數額在五千元以上不滿一萬元，犯罪后有悔改表現、積極退贓的，可以減輕處罰或者免予刑事處罰，由其所在單位或者上級主管機關給予行政處分。個人貪污數額不滿五千元，情節較重的，處二年以下有期徒刑或者拘役;情節較輕的，由其所在單位或者上級主管機關酌情給予行政處分。對多次貪污未經處理的，按照累計貪污數額處罰。