因公出差發生交通事故公司該賠付。如果員工是開車為單位辦公事，由于違反交通法規肇事，造成了自身的傷害，單位是應按工傷處理的，造成的車輛損壞也不能由員工賠償，只能按違反勞動紀律的相關條款處理給予行政處分。在這樣的事故中單位也是有一定責任的，應承擔對員工安全生產教育不夠的責任。
辦理工傷認定申請需要提交哪些材料
1、填寫《職工工傷認定申請表》一式四份；
2、攜帶職工與企業的勞動合同書；
3、搶救醫院或定點醫療機構初次當天及連續治療診斷證明；
4、受傷人員的身份證，單位證明；
5、交通事故傷害或暴力傷害的，提交公安部門的責任裁定書和相關處理證明，下落不明的，提交司法部門裁定書；
6、工傷證明材料；
7、用人單位營業執照；
8、繳納工傷保險證明材料；
9、受傷職工個人照片。
法律依據：《工傷保險條例》 第十四條
職工有下列情形之一的，應當認定為工傷：
（一）在工作時間和工作場所內，因工作原因受到事故傷害的；
（二）工作時間前后在工作場所內，從事與工作有關的預備性或者收尾性工作受到事故傷害的；
（三）在工作時間和工作場所內，因履行工作職責受到暴力等意外傷害的；
（四）患職業病的；
（五）因工外出期間，由于工作原因受到傷害或者發生事故下落不明的；
（六）在上下班途中，受到非本人主要責任的交通事故或者城市軌道交通、客運輪渡、火車事故傷害的；
（七）法律、行政法規規定應當認定為工傷的其他情形。

　　根據《工傷保險條例》　第十四條 職工有下列情形之一的，應當認定為工傷：
　　（五）因工外出期間，由于工作原因受到傷害或者發生事故下落不明的；
　　該情況應該認定工傷，按照工亡情況賠償。
　　第三十九條 職工因工外出期間發生事故或者在搶險救災中下落不明的，從事故發生當月起3個月內照發工資，從第4個月起停發工資，由工傷保險基金向其供養親屬按月支付供養親屬撫恤金。生活有困難的，可以預支一次性工亡補助金的50％。職工被人民法院宣告死亡的，按照本條例第三十七條職工因工死亡的規定處理。
　　第三十七條 職工因工死亡，其直系親屬按照下列規定從工傷保險基金領取喪葬補助金、供養親屬撫恤金和一次性工亡補助金：
　　（一）喪葬補助金為6個月的統籌地區上年度職工月平均工資；
　　（二）供養親屬撫恤金按照職工本人工資的一定比例發給由因工死亡職工生前提供主要生活來源、無勞動能力的親屬。標準為：配偶每月40％，其他親屬每人每月30％，孤寡老人或者孤兒每人每月在上述標準的基礎上增加10％。核定的各供養親屬的撫恤金之和不應高于因工死亡職工生前的工資。供養親屬的具體范圍由國務院勞動保障行政部門規定；
　　（三）一次性工亡補助金標準為48個月至60個月的統籌地區上年度職工月平均工資。具體標準由統籌地區的人民政府根據當地經濟、社會發展狀況規定，報省、自治區、直轄市人民政府備案。
　　縱橫法律網 貴鑄律師