住房貸款利息專項附加扣除是從個人所得稅里抵扣的，不是直接從應收稅款里減免，是在計算應繳納所得稅的總額中減免的。

根據《個人所得稅專項附加扣除暫行辦法》第十四條納稅人本人或者配偶單獨或者共同使用商業銀行或者住房公積金個人住房貸款為本人或者其配偶購買中國境內住房，發生的首套住房貸款利息支出，在實際發生貸款利息的年度，按照每月1000元的標準定額扣除，扣除期限最長不超過240個月。納稅人只能享受一次首套住房貸款的利息扣除。

關于個人所得稅抵扣的規定。

《中華人民共和國個人所得稅法》第六條應納稅所得額的計算：

（一）居民個人的綜合所得，以每一納稅年度的收入額減除費用六萬元以及專項扣除、專項附加扣除和依法確定的其他扣除后的余額，為應納稅所得額。

（二）非居民個人的工資、薪金所得，以每月收入額減除費用五千元后的余額為應納稅所得額；勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得，以每次收入額為應納稅所得額。

（三）經營所得，以每一納稅年度的收入總額減除成本、費用以及損失后的余額，為應納稅所得額。

（四）財產租賃所得，每次收入不超過四千元的，減除費用八百元；四千元以上的，減除百分之二十的費用，其余額為應納稅所得額。

（五）財產轉讓所得，以轉讓財產的收入額減除財產原值和合理費用后的余額，為應納稅所得額。

（六）利息、股息、紅利所得和偶然所得，以每次收入額為應納稅所得額。

勞務報酬所得、稿酬所得、特許權使用費所得以收入減除百分之二十的費用后的余額為收入額。稿酬所得的收入額減按百分之七十計算。

個人將其所得對教育、扶貧、濟困等公益慈善事業進行捐贈，捐贈額未超過納稅人申報的應納稅所得額百分之三十的部分，可以從其應納稅所得額中扣除；國務院規定對公益慈善事業捐贈實行全額稅前扣除的，從其規定。

本條第一款第一項規定的專項扣除，包括居民個人按照國家規定的范圍和標準繳納的基本養老保險、基本醫療保險、失業保險等社會保險費和住房公積金等；專項附加扣除，包括子女教育、繼續教育、大病醫療、住房貸款利息或者住房租金、贍養老人等支出，具體范圍、標準和實施步驟由國務院確定，并報全國人民代表大會常務委員會備案。

以上內容參考 中國政府網——個人所得稅專項附加扣除暫行辦法