根據我國相關法律的規定，協查函指的是由司法機關部門根據調查需要向其他單位發函請其協助調查的函件。司法機關在對犯罪或違法事實進行調查都需要先立案，再偵查；因此，在司法機關立案后需要要求其他單位協助才會發送協查函。
協查函屬應用文范疇里的函件類。它的特點是，發過去，還要傳回來。目前最常見的傳輸方式是傳真機，次之為郵政快件，很少用的是電子郵件（此方式隨著政務電子化和科技水平的不斷提高一定會得到普遍的接受和應用）。另外一個方式是電話查詢，它屬于緊急情況下的特殊手段，沒有文書保障，但有信息保障。
由司法機關部門根據調查需要向其他單位發函請其協助調查叫協查函；即一般為兩個不同地的部門之間，或者上級部門對下級部門之間的函件，要求對方予以協助調查，并有正規回復的公文。派出所開出來的協查函是有用的，但是必須要公安機關辦案需要才可以使用，否則會侵犯公民隱私。協查函只能在公安機關內部使用，不會開具給公安機關以外的單位和個人。
另外公安機關案件協查函由辦案單位根據已掌握案件線索、案件偵辦情況以及辦案具體需要，并經過一定審批程序才能出具。
下面三種情況下可以申請法院協助調查函：
申請調查收集的證據屬于國家有關部門保存并須人民法院依職權調取的檔案材料;
涉及國家秘密、商業秘密、個人隱私的材料;
當事人及其訴訟代理人確因客觀原因不能自行收集的其他材料。
勞動保障監察案件有下列情形之一且需要相關地區協助的，委托方可以啟動委托協查工作：
（一）本地區發生勞動保障監察案件的用人單位注冊地、主要營業地或者主要辦事機構所在地在其他地區的；
（二）本地區發生勞動保障監察案件的違法行為涉及其他地區的；
（三）本地區在查處勞動保障監察案件過程中需要相關地區協助的。
法律依據：
《中華人民共和國民事訴訟法》
第一百一十四條　訴訟參與人或者其他人有下列行為之一的，人民法院可以根據情節輕重予以罰款、拘留；構成犯罪的，依法追究刑事責任：
（一）偽造、毀滅重要證據，妨礙人民法院審理案件的；
（二）以暴力、威脅、賄買方法阻止證人作證或者指使、賄買、脅迫他人作偽證的；
（三）隱藏、轉移、變賣、毀損已被查封、扣押的財產，或者已被清點并責令其保管的財產，轉移已被凍結的財產的；
（四）對司法工作人員、訴訟參加人、證人、翻譯人員、鑒定人、勘驗人、協助執行的人，進行侮辱、誹謗、誣陷、毆打或者打擊報復的；
（五）以暴力、威脅或者其他方法阻礙司法工作人員執行職務的；
（六）拒不履行人民法院已經發生法律效力的判決、裁定的。
人民法院對有前款規定的行為之一的單位，可以對其主要負責人或者直接責任人員予以罰款、拘留；構成犯罪的，依法追究刑事責任。
第一百一十五條　當事人之間惡意串通，企圖通過訴訟、調解等方式侵害他人合法權益的，人民法院應當駁回其請求，并根據情節輕重予以罰款、拘留；構成犯罪的，依法追究刑事責任。