1、提交訴狀不同。對于刑事申訴，申訴人應當向人民法院提交“刑事申訴狀”。對于民事申請再審，應當提交“民事再審申請書”。若當事人提交的是“民事申訴狀”，應向其釋明讓其更改為“民事再審申請書”。2、申請主體不同。有權提起刑事申訴的主體有當事人及其法定代理人、近親屬以及案外人。有權提起民事再審申請的有當事人及案外人。3、申請客體不同。根據刑事訴訟法第二百四十一條，刑事申訴的客體是發生法律效力的判決、裁定。民事申訴再審的客體是已經發生法律效力的判決、裁定，以及有證據證明調解違反自愿原則或調解協議內容違反法律的生效調解。4、申請期限不同。人民法院再審立案意見第十條規定了刑事申訴一般在刑罰執行完畢兩年內提出。根據民事訴訟法的規定，當事人申請再審，應該在判決、裁定發生法律效力后六個月內提出。5、管轄法院不同。刑事申訴由終審人民法院審查處理。但二審法院裁定準許撤回上訴的案件，申訴人對一審判決提出申訴的，可由一審法院審查處理。當事人可以向上一級人民法院申請再審;對于當事人一方人數眾多或當事人雙方為公民的案件，也可以向原審人民法院申請再審。

法律依據：《最高人民法院關于執行的司法解釋》第三百七十二條第一款 向人民法院申訴，應當提交以下材料：(一)申訴狀。應當寫明當事人的基本情況、聯系方式以及申訴的事實與理由。

《中華人民共和國刑事訴訟法》第二百四十一條 當事人及其法定代理人、近親屬，對已經發生法律效力的判決、裁定，可以向人民法院或者人民檢察院提出申訴，但是不能停止判決、裁定的執行。

可以啟動再審程序的主體有三個：本院院長、案件當事人、檢察院。

《民事訴訟法》第一百九十八條 各級人民法院院長對本院已經發生法律效力的判決、裁定、調解書，發現確有錯誤，認為需要再審的，應當提交審判委員會討論決定。最高人民法院對地方各級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定、調解書，上級人民法院對下級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定、調解書，發現確有錯誤的，有權提審或者指令下級人民法院再審。

第一百九十九條 當事人對已經發生法律效力的判決、裁定，認為有錯誤的，可以向上一級人民法院申請再審;當事人一方人數眾多或者當事人雙方為公民的案件，也可以向原審人民法院申請再審。當事人申請再審的，不停止判決、裁定的執行。

第二百零八條 最高人民檢察院對各級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，上級人民檢察院對下級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，發現有本法第二百條規定情形之一的，或者發現調解書損害國家利益、社會公共利益的，應當提出抗訴。地方各級人民檢察院對同級人民法院已經發生法律效力的判決、裁定，發現有本法第二百條規定情形之一的，或者發現調解書損害國家利益、社會公共利益的，可以向同級人民法院提出檢察建議，并報上級人民檢察院備案;也可以提請上級人民檢察院向同級人民法院提出抗訴。各級人民檢察院對審判監督程序以外的其他審判程序中審判人員的違法行為，有權向同級人民法院提出檢察建議。