其實(shí)宅基地使用權(quán)糾紛問題，原則上屬于一般的民事糾紛，可以找以下部門依法處理：
一、村委會或鎮(zhèn)、鄉(xiāng)政府，或者縣政府土地管理部門調(diào)解處理;
二、可以找土地管理部門進(jìn)行確權(quán)申請;
三、可以向法院提起訴訟;
四、其他部門。
下面是對不同案件的處理：
一、土地管理部門違法審批引起的宅基地糾紛案件
因土地管理部門審批宅基地，侵犯了相鄰關(guān)系人合法權(quán)益而引起的訴訟，人民法院應(yīng)以行政案件立案審理。法院主要審查土地管理部門在作出審批宅基地手續(xù)這一具體行政行為過程中，是否有超越職權(quán)、濫用職權(quán)、違反法定程序的行為。因而，土地管理部門從實(shí)體處理到審批程序各個環(huán)節(jié)中，只要有違法的情形存在，人民法院就應(yīng)撤銷宅基地使用執(zhí)照或責(zé)令土地管理部門重新作出審批。
對于土地管理部門審批的宅基地屬他人承包地、自留地，侵犯第三人土地承包經(jīng)營權(quán)引起的糾紛，人民法院受案后，主要審查申請人是否符合《土地管理法》第六十二條規(guī)定的條件，所審批的宅基地是否在法律規(guī)定范圍內(nèi)，有無按《土地管理法》第四十四條規(guī)定辦理農(nóng)用地轉(zhuǎn)用審批手續(xù)、有無考慮土地承包權(quán)三十年不變的規(guī)定等具體情況，作出撤銷或者維持審批文件的判決。
未經(jīng)土地管理部門審批或者采取欺騙手段騙取建房手續(xù)用地建房，侵犯了集體或相鄰關(guān)系人利益引發(fā)的糾紛。
對于能夠確認(rèn)村民建房未經(jīng)審批或采取欺騙手段騙取建房手續(xù)的非法用地建房，并且侵犯了相鄰關(guān)系人合法權(quán)益，如影響鄰人房屋通風(fēng)、采光、通行等情況的，人民法院既可以作出排除妨礙、限期拆除違法建筑物的民事判決，也可以中止訴訟，建議土地管理部門作出限期拆除違法建筑物、退出土地的處罰決定。人民法院在審理非法建筑物買賣、確權(quán)等涉及宅基地使用權(quán)糾紛案件時，應(yīng)注意只能裁決建筑材料的所有權(quán)，不宜明確非法建筑物的所有權(quán)歸屬。
二、爭占宅基地以外的集體空閑地引發(fā)的糾紛案件
村民爭占除宅基地以外的集體空閑地的目的是為了多占地皮、擴(kuò)大墻院、堆放雜物等。對這類糾紛，人民法院應(yīng)當(dāng)告知到當(dāng)?shù)厝嗣裾暾埥鉀Q，不服政府處理決定的則可向法院起訴的，法院應(yīng)以行政案件受理。土地為村集體經(jīng)濟(jì)組織所有的也可以直接向人民法院起訴，可要求占地者退出土地、排除妨礙，法院則應(yīng)以民事案件受理，對當(dāng)事人因爭占空閑土地引起的財產(chǎn)損害賠償案件，人民法院應(yīng)根據(jù)具體案情處理。
三、建房戶私下調(diào)換宅基地引發(fā)的糾紛案件
村民根據(jù)各自利益的需要，私下調(diào)換宅基地引發(fā)糾紛的，人民法院在審理此類案件時不僅要指出雙方行為的違法性，同時可以建議土地管理部門依法吊銷建房手續(xù)，收回宅基地。如果一方或雙方已蓋好房屋，為避免造成不必要的損失，可以在征得土地管理部門同意后，責(zé)令雙方變更宅基地登記。
四、用地建房影響相鄰關(guān)系人利益引發(fā)的糾紛案件
不適當(dāng)使用宅基地而影響相鄰關(guān)系的，如在同一規(guī)劃線上，后蓋的房屋宅基地基墊比先蓋的房屋宅基地高一些，造成雨水和生活用水向鄰人宅基地流淌，或后蓋的房屋和設(shè)施影響相鄰人房屋通風(fēng)、采光、滴水、危及他人房屋安全，或在不適當(dāng)?shù)攸c(diǎn)建造廁所影響環(huán)境衛(wèi)生、或擅自堵塞通道、截斷自然水流等情況引發(fā)的糾紛，人民法院應(yīng)本著依法、合理的精神妥善予以處理，確實(shí)給鄰人造成損害的，應(yīng)責(zé)令排除妨礙、消除危險、恢復(fù)原狀或賠償損失。
法律依據(jù)
《土地管理法》
第十六條　下級土地利用總體規(guī)劃應(yīng)當(dāng)依據(jù)上一級土地利用總體規(guī)劃編制。
地方各級人民政府編制的土地利用總體規(guī)劃中的建設(shè)用地總量不得超過上一級土地利用總體規(guī)劃確定的控制指標(biāo)，耕地保有量不得低于上一級土地利用總體規(guī)劃確定的控制指標(biāo)。
省、自治區(qū)、直轄市人民政府編制的土地利用總體規(guī)劃，應(yīng)當(dāng)確保本行政區(qū)域內(nèi)耕地總量不減少。
第六十二條　農(nóng)村村民一戶只能擁有一處宅基地，其宅基地的面積不得超過省、自治區(qū)、直轄市規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)。
人均土地少、不能保障一戶擁有一處宅基地的地區(qū)，縣級人民政府在充分尊重農(nóng)村村民意愿的基礎(chǔ)上，可以采取措施，按照省、自治區(qū)、直轄市規(guī)定的標(biāo)準(zhǔn)保障農(nóng)村村民實(shí)現(xiàn)戶有所居。
農(nóng)村村民建住宅，應(yīng)當(dāng)符合鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）土地利用總體規(guī)劃、村莊規(guī)劃，不得占用永久基本農(nóng)田，并盡量使用原有的宅基地和村內(nèi)空閑地。編制鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）土地利用總體規(guī)劃、村莊規(guī)劃應(yīng)當(dāng)統(tǒng)籌并合理安排宅基地用地，改善農(nóng)村村民居住環(huán)境和條件。
農(nóng)村村民住宅用地，由鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）人民政府審核批準(zhǔn)；其中，涉及占用農(nóng)用地的，依照本法第四十四條的規(guī)定辦理審批手續(xù)。
農(nóng)村村民出賣、出租、贈與住宅后，再申請宅基地的，不予批準(zhǔn)。
國家允許進(jìn)城落戶的農(nóng)村村民依法自愿有償退出宅基地，鼓勵農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織及其成員盤活利用閑置宅基地和閑置住宅。
國務(wù)院農(nóng)業(yè)農(nóng)村主管部門負(fù)責(zé)全國農(nóng)村宅基地改革和管理有關(guān)工作。

在農(nóng)村每家每戶都有屬于自己的宅基地，但是有的時候可能會因為宅基地的界限等產(chǎn)生糾紛，發(fā)生宅基地糾紛雙方應(yīng)該盡量協(xié)商進(jìn)行處理，村委會也應(yīng)該組織調(diào)解，對于調(diào)解不好的可以進(jìn)行起訴，那么，宅基地糾紛如何起訴?下面就跟著一起來詳細(xì)的了解一下吧。一、宅基地糾紛如何起訴      宅基地糾紛向法院起訴流程如下:      1、當(dāng)事人起訴，并按對方當(dāng)事人人數(shù)提交相應(yīng)份數(shù)的副本。起訴書應(yīng)寫明請求事項和起訴事實(shí)、理由，尾部須署名。      2、提交相關(guān)證明材料。      3、當(dāng)事人向法院提交書證，填寫證據(jù)清單。經(jīng)法院承辦人核對后，由承辦人在證據(jù)清單上簽字蓋章，一份交當(dāng)事人，一份備案。      4、立案庭在當(dāng)事人履行必須的手續(xù)和交齊有關(guān)證據(jù)材料之后，在七天內(nèi)，對符合立案條件的，辦理立案手續(xù)。      5、當(dāng)事人應(yīng)在收到受理通知書之日起七天內(nèi)預(yù)交案件受理費(fèi)和其他訴訟費(fèi)用，如確有困難，可在預(yù)交期內(nèi)向本院提出減、緩、免交的書面申請，逾期不交或者書面申請緩、減、免交未獲批準(zhǔn)而仍不預(yù)交的，本院將裁定按自動撤訴處理。      6、立案手續(xù)后，案件由法院排期開庭，當(dāng)事人應(yīng)服從法院的各項工作安排，并于結(jié)案后到財務(wù)室結(jié)算訴訟費(fèi)用，多退少補(bǔ)。

      二、宅基地糾紛的解決辦法      根據(jù)我國《土地管理法》的規(guī)定，宅基地糾紛的解決辦法，主要有三種:      1、協(xié)商解決      根據(jù)《土地管理法》第十六條第一款規(guī)定，土地所有權(quán)和使用權(quán)爭議，由當(dāng)事人協(xié)商解決。據(jù)此規(guī)定，公民之間發(fā)生的宅基地糾紛，應(yīng)當(dāng)先通過協(xié)商的方式加以解決。      2、行政解決      根據(jù)《土地管理法》第十六條第二款規(guī)定，個人之間，個人與單位之間爭議，由鄉(xiāng)級人民政府或者縣級以上人民政府處理。      該法還規(guī)定，侵犯土地的所有權(quán)或者使用權(quán)爭議，由縣級以上地方人民政府土地管理部門責(zé)令停止侵犯、賠償損失。      3、司法解決      根據(jù)《土地管理法》第十六條第三款規(guī)定，當(dāng)事人對有關(guān)人民政府的處理決定不服的，可以在接到處理決定通知之日起30日內(nèi)，向人民法院起訴。      這表明公民之間就土地的使用權(quán)和所有權(quán)發(fā)生的糾紛，只與按照《土地管理法》第十六條和第五十三條的規(guī)定，先經(jīng)過有關(guān)行政機(jī)關(guān)的處理，對于處理決定不服，才可以向人民法院提起訴訟。否則，人民法院不予受理。      但對于侵犯土地的所有權(quán)或者使用權(quán)的，被侵權(quán)人可以不經(jīng)行政機(jī)關(guān)的處理，而直接向人民法院起訴。      三、農(nóng)村宅基地繼承可以嗎      1、我國《土地管理法》沒有明文規(guī)定，但是宅基地是農(nóng)民集體財產(chǎn)，村民個人只有使用權(quán)，而且這一使用權(quán)具有很強(qiáng)的人身依附性，即村民資格。      2、農(nóng)村宅基地使用權(quán)作為土地使用權(quán)的一部分，當(dāng)然歸當(dāng)?shù)氐霓r(nóng)村經(jīng)濟(jì)組織(村委會)所有。宅基地使用權(quán)作為一項特殊的物權(quán)，與農(nóng)民個人的集體組織成員資格緊密相關(guān)，在我國《繼承法》有關(guān)遺產(chǎn)內(nèi)容的第三條中，沒有涉及宅基地的內(nèi)容，可見，宅基地不屬于遺產(chǎn)，不得繼承，但建造在宅基地上的房屋屬于村民個人所有，是可以被繼承的。      農(nóng)村宅基地是僅限本集體經(jīng)濟(jì)組織內(nèi)部符合規(guī)定的成員，按照法律法規(guī)規(guī)定標(biāo)準(zhǔn)享受使用，用于建造自己居住房屋的農(nóng)村土地。農(nóng)民對宅基地只有使用權(quán)，土地則屬于農(nóng)民集體所有。      農(nóng)村村民建住宅需要使用宅基地的，應(yīng)向本集體經(jīng)濟(jì)組織提出申請，并在本集體經(jīng)濟(jì)組織或村民小組張榜公布。公布期滿無異議的，報經(jīng)鄉(xiāng)(鎮(zhèn))審核后，報縣(市)審批。經(jīng)依法批準(zhǔn)的宅基地，農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織或村民小組應(yīng)及時將審批結(jié)果張榜公布。

宅基地確權(quán)有爭議解決方法如下：
1、協(xié)商解決，土地所有權(quán)和使用權(quán)爭議，由當(dāng)事人協(xié)商解決；
2、行政解決，個人之間，個人與單位之間爭議，由鄉(xiāng)級人民政府或者縣級以上人民政府處理；
3、司法解決，當(dāng)事人對有關(guān)人民政府的處理決定不服的，可以在接到處理決定通知之日起三十日內(nèi)，向人民法院起訴。
宅基地確權(quán)的條件如下：
1、必須是本村的村民且必須是宅基地建筑的實(shí)際所有權(quán)人。申請宅基地確權(quán)的農(nóng)民必須是本村村民，并且必須是宅基地使用權(quán)擁有者本人。其他人員沒有權(quán)利確權(quán)；
2、申請宅基地確權(quán)的農(nóng)民必須擁有合法的身份。合法的身份包括申請者本人必須是有合法的戶口本，身份證等證件，如果申請者本人在這方面存在問題，當(dāng)然無法申請確權(quán)嘍。農(nóng)村宅基地確權(quán)需要四個條件；
3、提供相關(guān)的證明材料。證明材料分兩種：第一種，如果宅基地房屋是村民自己建造的，需要提供宅基地使用證，建房的相關(guān)批文等輔助證明材料。如果是本村成員之間買賣或者是后代繼承以及他人饋贈的，就需要提供當(dāng)時的買賣合同，繼承證明，饋贈證明等輔助證明材料；
4、確權(quán)之前必須在本村農(nóng)民之間公示。確權(quán)申請?zhí)峤恢螅诒敬鍙堎N公告，在公告的有效期內(nèi)，如果沒有本村其他村民提出異議，則可確認(rèn)確權(quán)。
綜上所述，如果公民之間發(fā)生了宅基地的糾紛，要首先通過協(xié)商的方式進(jìn)行解決。個人間、個人和單位之間的爭議，由各鄉(xiāng)級人民政府或縣級以上的人民政府進(jìn)行處理。若當(dāng)事人對有關(guān)人民政府的處理決定感到不服的，可以在接到處理決定通知之日起的30天內(nèi)，向人民法院提起訴訟。法院審理宅基地使用權(quán)糾紛法律依據(jù)只要是土地管理法，大家要知道，行為人對宅基地是沒有所有權(quán)的，只有使用權(quán)的，因此宅基地不可以作為商品買賣，他人也不得侵占宅基地，否則可能會面臨著相應(yīng)的處罰。
【法律依據(jù)】：
《中華人民共和國土地管理法》第十四條
土地所有權(quán)和使用權(quán)爭議，由當(dāng)事人協(xié)商解決；協(xié)商不成的，由人民政府處理。
單位之間的爭議，由縣級以上人民政府處理；個人之間、個人與單位之間的爭議，由鄉(xiāng)級人民政府或者縣級以上人民政府處理。
當(dāng)事人對有關(guān)人民政府的處理決定不服的，可以自接到處理決定通知之日起三十日內(nèi)，向人民法院起訴。
在土地所有權(quán)和使用權(quán)爭議解決前，任何一方不得改變土地利用現(xiàn)狀。