增值稅發(fā)票綜合服務(wù)平臺只有勾選抵扣后才入賬。
1、在增值稅發(fā)票綜合服務(wù)平臺首頁選擇“抵扣勾選”—“發(fā)票抵扣勾選”，然后勾選狀態(tài)選擇“未勾選”，根據(jù)需要輸入查詢條件點(diǎn)擊查詢；2、選擇勾選的發(fā)票后，系統(tǒng)會將有效稅額轉(zhuǎn)變?yōu)榭删庉嫚顟B(tài)，系統(tǒng)默認(rèn)的有效稅額為發(fā)票稅額，用戶可修改并輸入實(shí)際發(fā)生的有效稅額，輸入的有效稅額大于零但小于或等于發(fā)票稅額，該張發(fā)票的剩余稅額（稅額-有效稅額）不支持再次勾選；3、確認(rèn)本次需要勾選的發(fā)票全部勾選完成后，點(diǎn)擊“提交”按鈕，在彈出的對話框核對信息，點(diǎn)擊確定。
增值稅是以商品（含應(yīng)稅勞務(wù)）在流轉(zhuǎn)過程中產(chǎn)生的增值額作為計稅依據(jù)而征收的一種流轉(zhuǎn)稅。

當(dāng)月已勾選發(fā)票未確認(rèn)的，可以撤銷勾選，如果已經(jīng)做了確認(rèn)，勾選結(jié)果就不能撤回了。如果勾選保存了，但是還未確認(rèn)，可以通過下面的步驟來取消：1、到“發(fā)票勾選”界面，點(diǎn)“更多查詢條件”。2、在“勾選狀態(tài)”里點(diǎn)“已勾選”，這時，已勾選未確認(rèn)的發(fā)票們就出現(xiàn)了。3、然后將左邊的去掉保存搞定。

自發(fā)票管理系統(tǒng)升級到2.0后(2019.11)，對于認(rèn)證或勾選的發(fā)票開始按用途進(jìn)行清分傳輸，即采用掃描認(rèn)證或抵扣勾選的用途為“抵扣”，采用退稅勾選的用途為出口退稅。對于用途為“出口退稅的”發(fā)票不再傳輸?shù)綄徍讼到y(tǒng)。如果外貿(mào)企業(yè)把用于退稅的發(fā)票做了抵扣勾選，應(yīng)按如下順序進(jìn)行操作：
(1)能夠撤銷勾選或簽名確認(rèn)的或能夠回退所屬期的就撤銷或回退所屬期并重新勾選退稅
(2)不能重新勾選的，可以開具紅字發(fā)票信息表并讓供貨商開具紅字發(fā)票沖減，然后重新開具發(fā)票，對于重新開具的發(fā)票做退稅勾選；
(3)如果上面2點(diǎn)都不能操作的，則向稅務(wù)局申請進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出核實(shí)函。即向主管稅局稅源管理科申請進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出核實(shí)，如果已經(jīng)抵扣進(jìn)項稅的應(yīng)先轉(zhuǎn)岀。稅源管理科核實(shí)該發(fā)票未用于抵扣后，會將《增值稅扣稅憑證進(jìn)項稅額轉(zhuǎn)出情況核實(shí)函》發(fā)送給出口退稅審核系統(tǒng)。企業(yè)申請退稅，稅局用該核實(shí)函進(jìn)行出口退稅審核(在異地協(xié)作平臺中操作核實(shí)函，企業(yè)再申報退稅即可)