指定管轄，是指上級人民法院以裁定方式，指定下級人民法院對某一案件行使管轄權。由于刑事訴訟法及相關的司法解釋只規定了立案管轄和審判管轄，實踐中對于管轄有異議后指定管轄的案件，一般有兩種處理方法：
　　一是在對該案件偵查終結后，將案件移交犯罪地或犯罪嫌疑人居住地的公安機關，由該公安機關移送相應的檢察機關提起公訴；
　　二是被指定立案偵查的公安機關報請其上一級公安機關與該市中級法院協商后，中級法院指定該市某基層法院管轄，并通知與中級法院對應的市檢察院，市檢察院再通知相應的基層檢察院。
　　【法律依據】
　　《刑事訴訟法》第二十七條規定，上級人民法院可以指定下級人民法院審判管轄不明的案件，也可以指定下級人民法院將案件移送其他人民法院審判。

法律分析：
依據我國現行刑事訴訟法和訴訟理論，一般將管轄劃分為立案管轄和審判管轄。
立案管轄，又稱職能管轄或部門管轄，是指人民法院、人民檢察院和公安機關各自直接受理刑事案件的職權范圍，也就是人民法院、人民檢察院和公安機關之間，在直接受理刑事案件范圍上的權限劃分。
審判管轄，是指人民法院審判第一審刑事案件的職權范圍，包括各級人民法院之間、普通人民法院與專門人民法院之間，以及同級人民法院之間，在審判第一審刑事案件上的權限劃分。
級別管轄，是指各級人民法院之間在審判第一審刑事案件上的權限分工。

【法律依據】：
《中華人民共和國刑事訴訟法》
第十九條 刑事案件的偵查由公安機關進行，法律另有規定的除外。 人民檢察院在對訴訟活動實行法律監督中發現的司法工作人員利用職權實施的非法拘禁、刑訊逼供、非法搜查等侵犯公民權利、損害司法公正的犯罪，可以由人民檢察院立案偵查。對于公安機關管轄的國家機關工作人員利用職權實施的重大犯罪案件，需要由人民檢察院直接受理的時候，經省級以上人民檢察院決定，可以由人民檢察院立案偵查。 自訴案件，由人民法院直接受理。
第二十條 基層人民法院管轄第一審普通刑事案件，但是依照本法由上級人民法院管轄的除外。
第二十一條 中級人民法院管轄下列第一審刑事案件： （一）危害國家安全、恐怖活動案件； （二）可能判處無期徒刑、死刑的案件。
第二十二條 高級人民法院管轄的第一審刑事案件，是全省（自治區、直轄市）性的重大刑事案件。
第二十三條 最高人民法院管轄的第一審刑事案件，是全國性的重大刑事案件。

法律主觀：

刑事訴訟中的管轄，是指公安機關、人民檢察院和人民法院之間立案受理刑事案件的權限劃分。公安機關負責偵查、檢察院負責審查起訴、法院負責審理。審判管轄是指法院之間審判案件的權限劃分，分為地域管轄、級別管轄和專屬管轄。

法律客觀：

《刑事訴訟法》第一百零九條 公安機關或者人民檢察院發現犯罪事實或者犯罪嫌疑人，應當按照管轄范圍，立案偵查。 第一百一十條 任何單位和個人發現有犯罪事實或者犯罪嫌疑人，有權利也有義務向公安機關、人民檢察院或者人民法院報案或者舉報。 被害人對侵犯其人身、財產權利的犯罪事實或者犯罪嫌疑人，有權向公安機關、人民檢察院或者人民法院報案或者控告。 公安機關、人民檢察院或者人民法院對于報案、控告、舉報，都應當接受。對于不屬于自己管轄的，應當移送主管機關處理，并且通知報案人、控告人、舉報人；對于不屬于自己管轄而又必須采取緊急措施的，應當先采取緊急措施，然后移送主管機關。