醫療事故賠償處理程序如下：
1. 接到受害者提出的賠償要求時，與之磋商賠款金額和方式。
2. 如雙方達成協議，簽署賠償協議；
若無法共識，通過法律途徑解決。
3. 支付賠償金。
通常情況下，醫療機構都采取一次性付清方式支付醫療事故賠償金。
法律依據：
《醫療事故處理條例》第四十六條
發生醫療事故的賠償等民事責任爭議，醫患雙方可以協商解決；不愿意協商或者協商不成的，當事人可以向衛生行政部門提出調解申請，也可以直接向人民法院提起民事訴訟。
《醫療事故處理條例》第四十七條
雙方當事人協商解決醫療事故的賠償等民事責任爭議的，應當制作協議書。協議書應當載明雙方當事人的基本情況和醫療事故的原因、雙方當事人共同認定的醫療事故等級以及協商確定的賠償數額等，并由雙方當事人在協議書上簽名。

在面對醫療事故時，處理途徑主要有以下四種：首先，醫患雙方可以選擇自愿協商解決醫療糾紛，但需在專門場所進行，避免影響正常醫療秩序。若人數較多，需推舉代表，每方不超過五人。其次，申請人民調解成為另一選擇，雙方共同向醫療糾紛人民調解委員會提出申請，若一方申請，需征得另一方同意后進行調解。第三，申請行政調解適用于發生醫療事故爭議，當事人向衛生行政部門提出書面申請。最后，若對醫療機構的診療行為有異議，可直接向人民法院起訴，要求醫療機構承擔賠償責任。
根據《民法典》第一千一百七十九條，對于造成他人人身損害的醫療事故，醫療機構應賠償醫療費、護理費、交通費、營養費、住院伙食補助費等合理費用，以及因誤工減少的收入。如果造成殘疾，還應賠償輔助器具費和殘疾賠償金；若造成死亡，則需賠償喪葬費和死亡賠償金。

關于醫療損害糾紛，醫患可自行協商解決；
若不愿商討或協商無果，則可向衛生行政部門提交調解申請書，亦可徑直向法院提起民事訴訟。
當雙方就醫療事故賠償等達成共識時，應簽訂書面協議。
此份協議書需詳細記錄雙方當事人的身份信息、醫療事故發生經過、共同認可的事故級別以及賠償標準等，各方代表須于協議上簽字確認。