借款擔保合同糾紛可由當事人自行協商處理。若當事人無法自行協商的，可以申請第三方居中調解，或根據仲裁約定申請仲裁。任然不能解決糾紛的，當事人可以直接向法院起訴。
【法律依據】
《中華人民共和國民法典》第二百三十三條
物權受到侵害的，權利人可以通過和解、調解、仲裁、訴訟等途徑解決。
《民事訴訟法》第五十條
雙方當事人可以自行和解。
第二百七十一條
涉外經濟貿易、運輸和海事中發生的糾紛，當事人在合同中訂有仲裁條款或者事后達成書面仲裁協議，提交中華人民共和國涉外仲裁機構或者其他仲裁機構仲裁的，當事人不得向人民法院起訴。
當事人在合同中沒有訂有仲裁條款或者事后沒有達成書面仲裁協議的，可以向人民法院起訴。