稅務局查偷稅漏稅主要通過舉報、上下游企業關聯檢查以及系統比對三種方式。
舉報是稅務局獲取信息的重要渠道之一。消費者在就餐時要求商家開具發票遭到拒絕，或者財務離職后舉報前公司偷稅漏稅，甚至競爭對手或合作伙伴發現企業有稅收違規行為后也會向稅務局舉報。對于中小企業，競爭對手舉報尤為常見。
稅務局在檢查企業時，會連帶檢查其上下游企業。例如，當前稅務局重點打擊虛開增值稅專用發票的企業，受票方無論知情與否都可能面臨虛假抵扣的風險，成為稅務機關的重點稽查對象。在檢查某一生產型企業偷漏稅證據時，與其相關的原材料供應商、銷售對象等公司也將成為檢查的對象，間接接受了稅務機關的稽查。
系統比對是稅務局常用的查稅方式。通過金稅三期系統或其他根據當地稅務情況研發的信息系統，對企業的報表信息進行分析，以識別稅務疑點。這些系統涵蓋了成百上千的風險點，一旦分析出企業存在稅務疑點，就會發出預警。例如，如果一個工業企業長期水電費用高企，而利潤表卻顯示連續虧損，系統會提醒稅務機關進行進一步調查。一些地方稅務機關還利用技術手段，如網絡爬蟲技術，來發現企業在稅務方面的違規行為。

舉報企業偷稅漏稅時，需要提供的關鍵證據包括被舉報人的全名、公司名稱與實際地址。重要的是，需要收集稅務違規的具體事實證據，例如賬冊憑證、納稅申報單、財務會計報表以及任何其他相關納稅文件。合同、協議、發票和收據等資料也是關鍵證據。提供證據的原件或復印件均被接受。
舉報方式靈活多樣，舉報人可以選擇書信、口頭、電話或任何自己覺得方便的形式。實名舉報和匿名舉報都可接受，但實名舉報可能有額外獎勵。若舉報人不愿透露個人信息或不愿意公開舉報行為，應得到尊重和保密。
在準備舉報材料時，確保所有證據都清晰、詳細且能明確顯示違規行為。這些證據將有助于核實指控，確保舉報的有效性。同時，保護好個人信息，避免在舉報過程中泄露。最后，了解舉報流程和可能的獎勵制度，以便在需要時妥善使用。

偷稅是指納稅單位和個人故意違反稅收法規，用欺騙、隱瞞等手法逃避納稅的行為。漏稅則是納稅人因無意而發生的漏繳或少繳稅款的行為。兩者的區別在于：
1、性質不同：偷稅是故意違反稅收法規的行為，漏稅則是無意發生的漏繳行為。
2、處罰不同：對于漏稅的納稅人，除限期追補漏繳稅款外，還可處以不繳或者少繳的稅款5倍以下的罰款。而對“偷稅”的，除由稅務機關追繳其偷稅款外，還要追究刑事責任。
偷稅的具體手法包括：
1、利用稅目進行偷稅：如殘次品銷售收入不作銷售處理，廢品銷售收入不作銷售處理，自制產品或半成品自用，降價處理或不作銷售處理，企業下屬分支機構以及參加展銷會、交易會的經營收入不報稅，企業附營、兼營收入不報稅，帳外設帳隱瞞收入。
2、利用稅率進行偷稅：如混淆一般納稅人和小規模納稅人界限，兼營不同稅率商品按低稅率納稅，混淆基本稅率和利低稅率。
3、利用稅收優惠進行偷稅：如個體業戶利用集體名義開辦私人企業，虛報殘疾人、待業知青人數，設立假合資企業，以咨詢服務為名，行銷售產品之實。
4、多列支出偷稅：如專用基金支出擠入成本，多提固定資產折舊，虛列預提費用，違規攤銷，擴大產品材料成本，擴大產品工資成本。
根據最高人民檢察院、公安部《關于經濟犯罪案件追訴標準的規定》，納稅人進行偷稅活動，涉嫌下列情形之一的，應予追訴：
1、偷稅數額在一萬元以上，并且偷稅數額占各稅種應納稅總額的百分之十以上的；
2、雖未達到上述數額標準，但因偷稅受過行政處罰二次以上，又偷稅的；
3、納稅人采取欺騙、隱瞞手段進行虛假納稅申報或者不申報，逃避繳納稅款，數額在五萬元以上并且占各稅種應納稅總額百分之十以上，經稅務機關依法下達追繳通知后，不補繳應納稅款、不繳納滯納金或者不接受行政處罰的；
4、納稅人五年內因逃避繳納稅款受過刑事處罰或者被稅務機關給予二次以上行政處罰，又逃避繳納稅款，數額在五萬元以上并且占各稅種應納稅總額百分之十以上的；
5、扣繳義務人采取欺騙、隱瞞手段，不繳或者少繳已扣、已收稅款，數額在五萬元以上的。
根據《刑法》第二百零一條，納稅人采取欺騙、隱瞞手段進行虛假納稅申報或者不申報，逃避繳納稅款數額較大并且占應納稅額百分之十以上的，處三年以下有期徒刑或者拘役，并處罰金；數額巨大并且占應納稅額百分之三十以上的，處三年以上七年以下有期徒刑，并處罰金。扣繳義務人采取前款所列手段，不繳或者少繳已扣、已收稅款，數額較大的，依照前款的規定處罰。對多次實施前兩款行為，未經處理的，按照累計數額計算。有第一款行為，經稅務機關依法下達追繳通知后，補繳應納稅款，繳納滯納金，已受行政處罰的，不予追究刑事責任；但是，五年內因逃避繳納稅款受過刑事處罰或者被稅務機關給予二次以上行政處罰的除外。
稅務局查賬會檢查納稅人的賬簿、記賬憑證、報表和有關資料，檢查扣繳義務人代扣代繳、代收代繳稅款賬簿、記賬憑證和有關資料。也會檢查納稅人的生產、經營場所和貨物存放地檢查納稅人應納稅的商品、貨物或者其他財產，檢查扣繳義務人與代扣代繳、代收代繳稅款有關的經營情況。
稅務機關通過專項檢查、區域專項治理、重點稅源檢查、舉報案件、突發事件、主管稅所、專管員發現企業有偷逃稅款嫌疑，以及財務或經營情況出現巨大波動或有重大涉稅事項等方式進行稽查。
根據《稅收違法行為檢舉管理辦法》規定，檢舉人應當至少提供被檢舉人的名稱或者姓名、地址、稅收違法行為線索等資料。檢舉的稅收違法行為經稅務機關立案查實處理并依法將稅款收繳入庫后，根據檢舉時效、檢舉材料中提供的線索和證據詳實程度、檢舉內容與查實內容相符程度以及收繳入庫的稅款數額，按照相應標準對檢舉人計發獎金。
12366納稅服務熱線是國家稅務總局于2008年7月1日專為全國稅務系統核配的，為納稅人提供納稅服務的熱線號碼。