非法占用土地的處理方法是：
1、行政處罰
發現違法占地行為，縣級以上人民政府自然資源主管部門應當及時制止，符合立案條件的，依法立案查處，應當給予行政處罰的，依法作出行政處罰決定。
2、追究行政責任
違法占地的行為人為機關法人、事業單位法人、國有企業、社會團體，或具有國家工作人員身份的人員的，對有關責任人還應當追究行政責任，給予相應的行政處分。
3、追究刑事責任
違法占地構成犯罪的，要依法追究刑事責任。
4、責令退還非法占用的土地。　　
即將非法占用的土地恢復到占用以前的狀態，如果非法占用的土地是公共用地或未確定給單位和個人使用的國有土地的，要恢復到占用以前的原貌。
5、罰款。
對非法占用土地的，除采取上述處罰措施以外，還可以對當事人處以罰款，但罰款是選擇性適用條款，是否給予罰款，由土地行政主管部門根據違法情節而定。
6、限期拆除新建的建筑物和其他設施。
如果在非法占用的農用地上新建了建筑物和其他設施的，并且這些建筑物和其他設施是違反土地利用總體規劃的，作出處罰決定的土地行政主管部門應當責令違法者在一定期限內予以拆除，恢復土地原狀。
7、沒收新建的建筑物和其他設施。
如果在非法占用的土地新建的建筑物和其他設施是符合土地利用總體規劃的，作出處罰決定的土地行政主管部門應當予以沒收。
違法占地的表現形式
1、未經批準占用土地，主要是指單位或個人未取得合法用地批準文件或未辦理用地批準手續而違法占用土地進行建設。
2、采用欺騙手段騙取批準文件占用土地建設，主要指單位或個人占地建設雖然取得了用地批準手續，但批準手續是通過弄虛作假騙取的，不具備合法性，也屬于違法占地。例如，某村民已有宅基地，卻隱瞞情況伙同村干部出具沒有宅基地的證明，騙取批準新的宅基地。
3、少批多占，主要是指超過批準的用地面積占用土地，多占的部分屬于違法占地。
4、其他形式的違法占地，例如，臨時用地到期，拒不歸還土地或在臨時用地上修建永久性建筑物、構筑物的；對在土地利用總體規劃制定前已建的不符合土地利用總體規劃確定的用途的建筑物、構筑物重建、擴建等。
總的來說，行政機關對非法占地行為應當依法處理，由縣級以上人民政府土地行政主管部門責令退還非法占用的土地，恢復土地原狀，屆時未退還的再予以強制執行，實施強制清除。
【法律依據】：
《中華人民共和國刑法》
第三百四十二條
違反土地管理法規，非法占用耕地、林地等農用地，改變被占用土地用途，數量較大，造成耕地、林地等農用地大量毀壞的，處五年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金。
《土地管理法》
第七十七條
未經批準或者采取欺騙手段騙取批準，非法占用土地的，由縣級以上人民政府自然資源主管部門責令退還非法占用的土地，對違反土地利用總體規劃擅自將農用地改為建設用地的，限期拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他設施，恢復土地原狀，對符合土地利用總體規劃的，沒收在非法占用的土地上新建的建筑物和其他設施，可以并處罰款;對非法占用土地單位的直接負責的主管人員和其他直接責任人員，依法給予處分;構成犯罪的，依法追究刑事責任。
超過批準的數量占用土地，多占的土地以非法占用土地論處。

法律依據：《刑法》第三百四十二條明確指出，違反土地管理法規，非法占用耕地、林地等農用地，改變被占用土地用途，數量較大，造成耕地、林地等農用地大量毀壞的，將處以五年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金。
《最高人民法院關于審理破壞土地資源刑事案件具體應用法律若干問題的解釋》第三條進一步明確，違反土地管理法規，非法占用耕地改作他用，數量較大，造成耕地大量毀壞的，將依照刑法第三百四十二條的規定，以非法占用耕地罪定罪處罰。其中，非法占用耕地“數量較大”，指的是非法占用基本農田五畝以上，或者非法占用基本農田以外的耕地十畝以上。
若違法占地行為嚴重，不僅會觸犯法律，而且將面臨刑事責任。根據上述法律規定，非法占用耕地、林地等農用地，且數量達到一定標準，將承擔五年以下有期徒刑或者拘役的刑事責任，并可能被處以罰金。因此，任何單位或個人在進行土地使用活動時，應嚴格遵守土地管理法規，確保土地資源的有效利用和保護。

非法占地的責令退還非法占用的土地，限期拆除新建的建筑物和其他設施，沒收新建的建筑物和其他設施，并進行罰款，罰款的具體幅度和標準，應由《土地管理法實施條例》作出明確規定。
構成犯罪的，依法追究刑事責任。
【法律依據】
《刑法》第342條，違反土地管理法規，非法占用耕地、林地等農用地，改變被占用土地用途，數量較大，造成耕地、林地等農用地大量毀壞的，處五年以下有期徒刑或者拘役，并處或者單處罰金。