疫情期間被隔離公司以年假抵扣是不合法的，因疫情影響，用人單位延遲復(fù)工或未返崗期間等不能提供正常勞動(dòng)的職工休假期間，經(jīng)與職工協(xié)商，用人單位可以用職工的年休假等假期相抵工作日。
一、對(duì)年休假與這些休假的關(guān)系作了明確規(guī)定：
1、第一，年休假與寒暑假。在中國(guó)，學(xué)校一直實(shí)行寒暑假制度，教職員工享受的寒暑假天數(shù)（寒假2至3周，暑假5至6周）遠(yuǎn)遠(yuǎn)超過(guò)條例規(guī)定的年休假天數(shù)。因此，條例規(guī)定：職工依法享受寒暑假，其休假天數(shù)多于年休假天數(shù)的，不享受當(dāng)年的年休假。
2、第二，年休假與病、事假。征求意見(jiàn)過(guò)程中，一些部門、地方和網(wǎng)民提出，在保障職工年休假權(quán)利的同時(shí)，也要保證單位正常的工作秩序，對(duì)于較長(zhǎng)時(shí)間休病假、請(qǐng)事假的職工，不應(yīng)當(dāng)再享受年休假待遇。我們經(jīng)與人事部、勞動(dòng)保障部、全國(guó)總工會(huì)反復(fù)研究，采納了上述意見(jiàn)，條例規(guī)定：職工請(qǐng)事假累計(jì)20天以上且單位按照規(guī)定不扣工資的，不享受當(dāng)年的年休假；累計(jì)工作滿1年不滿10年的職工請(qǐng)病假累計(jì)2個(gè)月以上的，累計(jì)工作滿10年不滿20年的職工請(qǐng)病假累計(jì)3個(gè)月以上的，累計(jì)工作滿20年以上的職工請(qǐng)病假累計(jì)4個(gè)月以上的，不享受當(dāng)年的年休假。
3、第三，年休假與探親假。征求意見(jiàn)過(guò)程中，一些部門、地方和網(wǎng)民提出，探親假與年休假是兩種功能不同的休假制度，不應(yīng)互相沖抵。我們經(jīng)與有關(guān)部門研究，認(rèn)為這種意見(jiàn)有道理。
二、職工有下列情形之一的，不享受當(dāng)年的年休假：
（一）職工依法享受寒暑假，其休假天數(shù)多于年休假天數(shù)的；
（二）職工請(qǐng)事假累計(jì)20天以上且單位按照規(guī)定不扣工資的；
（三）累計(jì)工作滿1年不滿10年的職工，請(qǐng)病假累計(jì)2個(gè)月以上的；
（四）累計(jì)工作滿10年不滿20年的職工，請(qǐng)病假累計(jì)3個(gè)月以上的；
（五）累計(jì)工作滿20年以上的職工，請(qǐng)病假累計(jì)4個(gè)月以上的。
三、帶薪年休假工資待遇的計(jì)算
（1）帶薪休假工資
帶薪年休假，顧名思義，在帶薪年休假期間，職工享受與正常工作期間相同的工資收入。這里比較特殊的是如何理解實(shí)行計(jì)件工資、提成工資或者其他實(shí)行績(jī)效工資制職工的正常工資。對(duì)于這些員工應(yīng)當(dāng)先計(jì)算其前12個(gè)月的月平均工資，其中不包含加班工資，再除以計(jì)薪日天數(shù)即21.75，才得出正常的日工資。
（2）應(yīng)休未休的處理
只有在用人單位安排職工休年休假，但是職工因本人原因且書面提出不休年休假的情況下，用人單位才可以只支付職工正常工作期間的工資收入；其他情況下對(duì)職工應(yīng)休未休的年休假天數(shù)，單位應(yīng)當(dāng)按照該職工日工資收入的300%支付年休假工資報(bào)酬。這就意味著即便用人單位經(jīng)職工同意不安排年休假以及對(duì)于職工離職未休年休假的，用人單位都應(yīng)按照該職工日工資收入的300%支付年休假工資報(bào)酬。
法律依據(jù)：
《職工帶薪年休假條例》
第二條
機(jī)關(guān)、團(tuán)體、企業(yè)、事業(yè)單位、民辦非企業(yè)單位、有雇工的個(gè)體工商戶等單位的職工連續(xù)工作1年以上的，享受帶薪年休假（以下簡(jiǎn)稱年休假）。單位應(yīng)當(dāng)保證職工享受年休假。職工在年休假期間享受與正常工作期間相同的工資收入。
第三條
職工累計(jì)工作已滿1年不滿10年的，年休假5天；已滿10年不滿20年的，年休假10天；已滿20年的，年休假15天。國(guó)家法定休假日、休息日不計(jì)入年休假的假期。