醫(yī)療事故鑒定與醫(yī)療過錯司法鑒定的區(qū)別有如下幾點：
（1）、鑒定的機構(gòu)不同。事故鑒定是各地醫(yī)學會承擔，醫(yī)療過錯司法鑒定由有資格的司法鑒定機構(gòu)承擔，上海就有一家比較權(quán)威的機構(gòu)。
（2）、醫(yī)療事故鑒定有兩級，地級市醫(yī)學會鑒定后，如果當事人不服的，可以向省級醫(yī)學會申請第二次鑒定，但司法鑒定則無這樣的層級區(qū)別。如當事人不服，則可以另行委托其他有資質(zhì)的機構(gòu)重新鑒定。
（3）、公信力有差異：醫(yī)學會由于是在掛靠在當?shù)匦l(wèi)生局的學術(shù)組織，可以說是衛(wèi)生局的婢女，自然要偏向其屬下的醫(yī)院。公信力當然要差一些。司法鑒定的機構(gòu)則和醫(yī)院沒有那么的瓜葛，偏心的情況可能會少一些。
（4）、性質(zhì)上不同。醫(yī)療事故鑒定基本上是技術(shù)鑒定。司法鑒定則是獨立的專業(yè)機構(gòu)所做鑒定，如果其鑒定行為違法并造成當事人損失的，依法要承擔賠償責任。但醫(yī)學會基本上沒有能力承擔賠償責任。
至于其利弊，如果患者是死亡或傷殘的損害結(jié)果，醫(yī)療事故按照原《醫(yī)療事故處理條例》來確定賠償標準的話，受害人所得的賠償大大少于醫(yī)療過錯損害賠償，差別太大了。