截至2013年9月，我國批準了轉基因生產應用安全證書，并在有效期內的作物有棉花、水稻、玉米和番木瓜。只有棉花、番木瓜批準商業化種植。證書的發放是根據研發人的申請和農業轉基因生物安全委員會的評審，經部級聯席會議討論通過后批準的，有效期一般為五年。證書的批準信息已經在農業部相關網站上公布，各批次的批準情況都可以查詢。
取得了轉基因生產應用安全證書，一般只用于科研，并不能馬上進行商業化種植。按照《中華人民共和國種子法》的要求，轉基因作物還需要取得品種審定證書、生產許可證和經營許可證，才能進入商業化種植。截至2013年9月，轉基因水稻和轉基因玉米尚未完成種子法規定的審批，沒有商業化種植。而之前獲得生產應用安全證書的番茄和甜椒的轉基因品種，已因為無明顯優勢而被市場淘汰，現證書已過期。
我國批準進口用作加工原料的轉基因作物有大豆、玉米、油菜、棉花和甜菜。這些食品必須獲得我國的安全證書。
而在美國，轉基因食品無所不在，充斥著美國大大小小的超市與農產品購物中心。當地媒體列出了前十大轉基因食品，包括玉米、大豆、棉花、木瓜、大米、西紅柿、油菜籽、乳制品、土豆和豌豆。
美國自產的玉米、大豆等轉基因食品出口量占總產量的約40%，最大部分是在美國國內出售。就玉米而言，美國食品藥品管理局曾表示，市面上出售給消費者的玉米幾乎都是轉基因玉米，而美國知名的農業科技公司孟山都公司也承認，美國半數農場使用轉基因玉米種籽。
歐盟僅有MON810轉基因玉米這一種轉基因作物在種植。根據歐盟委員會公布的數據，歐盟轉基因玉米種植面積僅占全歐盟玉米種植面積的1.56%，其中西班牙的種植面積最大。